Di tengah-tengah banjir pujian dan juga rekognisi dari berbagai ajang penghargaan film, kesuksesan The Shape of Water agak tercoreng dengan tuduhan pelanggaan hak cipta.

Sang sutradara, Guillermo del Toro, dan rumah produksi film, Fox Searchlight Pictures, menghadapi tuntutan hukum dari anak seorang pengarang pemenang Pulitzer Prize, yang mengklaim jika film telah menjiplak ide dari karya ayahnya.

David Zindel mengatakan jika ayahnya, Paul Zindel, menulis naskah sebuah drama panggung berjudul Let Me Hear You Whisper di tahun 1969. Naskah drama tersebut berkisah tentang seorang perempuan kesepian yang bekerja sebagai petugas kebersihan di sebuah laboratorium. Sang perempuan kemudian tertarik pada sosok aquatis yang ditahan di sebuah tabung kaca dan kemudian membebaskan sang mahluk setelah mengetahui jika pihak berwenang akan membunuhnya. 

Meskipun terdapat kemiripan di antara naskah drama panggung dan filmnya, pihak tertuduh tidak pernah sekalipun meminta izin dari penuntut, apalagi memberikan kredit kepada Zindel untuk filmnya, ungkap pengacara yang mengurus kasus ini, Marc Toberoff. 

Tidak hanya premis yang dianggap sangat mirip, beberapa adegan juga ditiru, seperti pemenggalan seekor kucing, jari-jari yang terputus hingga penggunaan terma "vivisection." Toberoff juga memasukkan berbagai komentar publik dari penggemar ZIndel yang menyatakan kemiripian antara dua karya ini. 

ZIndel memberi penekanan jika karya sang ayah pernah ditampilkan di atas panggung, diajarkan di sekolah-sekolah dan ditayangkan televisi dua kali. Lebih lanjut ia menyatakan jika produser Daniel Kraus dikenal sebagai pengagum karya-karya ayahnya dan melakukan pitching ide "petugas kebersihan yang menculik seorang manusia amfibi dari laboratorium rahasia milik pemerintah" kepada del Toro, yang menyutradarai filmnya dan menulis naskahnya bersama dengan Vanessa Taylor. Tapi kemudian del Toro mengaku kepada publik jika The Shape of Water terinspirasi dari film horor klasik, The Creature from the Black Lagoon. 

Menanggapi tuntutan hukum ini, pihak Fox Searchlight telah merilis sebuah pernyataan: 

"These claims from Mr. Zindel's estate are baseless, wholly without merit and we will be filing a motion to dismiss. Furthermore, the estate's complaint seems timed to coincide with the Academy Award voting cycle in order to pressure our studio to quickly settle. Instead, we will vigorously defend ourselves and, by extension, this groundbreaking and original film." 

The Shape of Water telah menerima beberapa penghargaan, termasuk dua piala Golden Globe Awards untuk Best Director dan Best Original Score. Film juga menyabet Best Film di BAFTA Awards.

Sedang di ajang Academy Awards film mendapatkan 13 nominasi, yaitu untuk kategori Best Picture, Best Director, Best Original Screenplay, Best Actress untuk Sally Hawkins, Best Supporting Actor untuk Richard Jenkins, dan Best Supporting Actress untuk Octavia Spencer.